饮食
我们进食什么食物对肠道菌群的组成有直接的影响？现代饮食考虑更懂是方便而非营养，太多太多加工食品，对肠道菌群极为不利。
太多含糖食品和加工碳水化合物尤其会增加各种真菌、念珠菌的数量，也会增加链球菌、葡萄球菌梭状芽孢杆菌、拟杆菌和一些需氧的机会型致病菌的数量。加工的碳水化合物（白面包、蛋糕、饼干、酥饼和意大利面）也能够促进肠道内蠕虫和其他一些寄生虫的生长。
高纤维加工类谷物食品（特别是麦麸和早餐谷物片）对肠道菌群、肠道健康和一般身体代谢有着极大的负面影响，使人更容易发生肠易激综合征、直肠癌、营养缺乏与许多其他问题。水果和蔬菜提供的纤维更好，对消化系统不会像谷物纤维那样粗糙刺激。
喂奶粉长大的孩子与吃母乳长大的孩子肠道菌群完全不同。母乳喂养对于孩子建立平衡健康的肠道菌群使必要的。婴儿出生时肠道无菌，吃母乳是我们一生之中唯一一次可以使得整个肠道表面全部栖息上健康细菌组合的机会，这为我们将来的健康奠定基础。喂养奶粉的孩子肠道内栖息了不同的细菌组合，使得他们未来更容易面临许多挑战。我们有一代人，出生于20世纪60年代到70年代，他们没有得到母乳喂养，因为那时母乳喂养不流行了。从流行不喂母乳时起，大量的医学问题出现，这让医疗专业人员和我们其他人越来越看到母乳喂养有多么重要。值得庆幸的是，现在大多数妈妈都尽可能给刚出生的孩子喂母乳。
长时间的进士、挨饿或者吃得过多都会严重地改变场地菌群的生产，引起一些健康问题的连锁反应，在这些情况下，可以通过服用益生菌补充剂来补充有益菌。一般来说，如果肠道失调是因为特别糟糕的饮食引起，其情况应该不会太严重，通过纠正饮食习惯是可以改善的。令人遗憾的是，我们往往也同时受其他一些破坏肠道菌群的因素影响，比如抗生素。
疾病
各种感染性疾病，比如伤寒、霍乱、痢疾、沙门氏菌和一些病毒感染，会导致对肠道菌群的持续性损害。治疗这些严重的感染，让患者肠道重新栖息上有益菌应该是非常重要的一部分。
各种不同的慢性病，如糖尿病、自身免疫疾病、内分泌疾病、肥胖和神经心理疾病，往往同时伴有严重的肠道菌群缺陷，这些缺陷也常常是手术、化疗、激素治疗和放疗后的不良反应。
压力
短期的压力对肠道菌群有破坏性作用，但是当压力消除后肠道通常能恢复，然而长期的身体和心理压力可对肠道固有菌群造成永久性的破坏。
其他因素
强体力活动、年纪增长、酗酒、污染，暴露于毒性物质或季节因素，暴露于电离辐射和极端气候也都会对肠道菌群有较大的影响。
我们每个人体内携带的微生物组合都是不同的，受到以上讲述的药物和其他一些因素的影响，这些肠道菌群则会发生同样的变化，使得我们可能出现各种不同的健康问题。这是一个完全不可预测的过程，目前科学研究还未发明出能够检测肠道里所有微生物的可靠方法，更不用说去治愈各种各样的异常，这种损伤一代传给一代。因为新生儿从母亲身上获得肠道菌群，随着损伤一代一代被传递，问题越来越严重。这一过程反映在代际间与异常肠道菌群相关的健康问题的严重性上。比如在我们诊所里有一种非常常见的情况，祖母因为肠道失调存在轻度的消化系统问题，她传递给女儿中度水平的异常菌群，女儿在有了孩子后决定不给孩子喂母乳，因为当时不流行喂母乳了。结果她的女儿遭受过敏、偏头痛、经期综合征和消化问题的困扰。她从16岁起就服用避孕药，这就进一步加剧了对肠道菌群的破坏，更不用说为了抵抗感染还间或使用过抗生素，饮食还都是快餐食品。经过十多年用药经历，她有了孩子，又给孩子传递了异常的菌群，她的孩子发生了消化和免疫问题，导致湿疹、哮喘、自闭症和其他学习问题。
在现代社会，似乎很难逃脱这里描述的大多数因素，在这系因素影响下，肠道内的有益菌丧失了能力，不能发挥前面所讲的哪些功能。他们不能很好地保护我们的消化系统，不能抵御机会型和过度型细菌、病毒、真菌，以至于这些病原菌在肠道和身体其他部位引发了一条链的病机。要进一步了解这种情况下会发生什么，接下来我们看看消化系统内所寄居的机会型细菌。
机会型致病菌群
沃恩详细谈论了肠道内的必需菌群（有益菌）以及他们的许多功能，现在我们看看第二类细菌——机会型致病菌群。这是一大类的各种微生物，其数量与组合可以说是非常独特。在人的肠道内已经发现有大约种不同的机会型细菌。这些是最为常见的：拟杆菌、消化球菌、葡萄状球菌、链球菌、杆菌、梭状芽孢杆菌、酵母菌、肠杆菌（变形杆菌、克雷伯氏菌、柠檬酸杆菌等）、梭杆菌、真细菌、螺旋体科细菌、螺菌科、粪球菌，各种不同的病毒和许多其他菌。有趣的是，这些机会型细菌中的许多细菌如果数量不多，控制得好，实际上在肠道内会发挥许多好的作用，包括参与食物的消化，讲解脂肪和胆汁酸。
在健康产地里，这些菌的数量是有限的，它们受到有益菌的严格控制，但是当有益菌变弱或者遭到破坏，这些机会分子便失去控制。这些微生物中的每一种都有能力引起各种健康问题。这是一个让人着迷的未来研究的领域，因为似乎我们每个人的机会型细菌的特点决定了我们可能会患怎样的疾病。是的，我们的肠道里与生俱来携带了未来可能永久发生疾病的致病菌。只有我们保护好自己的卫兵，即有益菌，那些坏东西可能永远不会显露他们丑陋的面孔。令人遗憾的是，我们现代生活方式迟早会破坏身体的固有菌群，那些机会分子正在活跃地等待上场的机会。
最为人知的是一种真菌——白色念珠菌，它导致了许多人说不清的病痛。关于念珠菌感染有大量发表的文献，苏鸥翼这里就不集中赘述。但是不得不说的是，许多被描述为念珠菌综合征的问题，实际上是肠道失调（肠道菌群异常）的结果，其中还包括许多其他机会型和病原微生物的活动。一方面人体是受到白色念珠菌的影响，另一方面白色念珠菌的活跃度、生存能力以及致病能力则依赖于它的数万亿个邻居——各种不同的细菌、病毒、原虫、酵母菌和许多其他微生物。在建康的肠道内，念珠菌和其他一些致病菌受到有益菌的严格控制。令人遗憾的是，抗生素给了白色念珠菌特别的机会。通常广谱抗生素能杀死身体内许多不同的微生物，无论是好的还是坏的，但是这些药对念珠菌却无效，所以，每次使用过抗生素之后，念珠菌都会存活下来，而且由于没有了其他菌对它的抑制，念珠菌得以生长繁殖。在使用抗生素初期，医疗专业人员知道这一点，所以有一个原则就是每次开具广谱抗生素药物时需要同时开制霉菌素（真对念珠菌的抗生素）。然而，不知什么原因，从十几年前开始，医生已经不再这样组合开药了，现在我们也付出了代价，念珠菌感染非常普遍。除了抗生素，现在另外一个使得念珠菌过度增长的原因是我们的饮食。糖与加工碳水化合物食品使得念珠菌繁殖，而这类食品恰恰主导了现在西方的饮食习惯。
之前列举的许多其他机会型细菌，一旦失去控制，会通过肠壁这一层屏障，进入淋巴和血液，进而导致身体许多器官出问题，但最先遭受痛苦的还是消化系统，所以身体的肠道菌群异常，消化系统机能不良就不足为奇了。肠道失调的最普遍的结果就是著名的肠应急综合征，大量的机会型细菌寄居在肠道内，导致出现肠应急综合征的许多症状，越来越多的研究将说明克罗恩病和溃疡性结肠炎与机会型细菌失去控制有关。
某些机会型细菌，如果不能被有益菌控制，会接触肠壁并破坏肠道壁的完整性，导致“肠漏“。比如微生物学家已经观察到来自螺旋体科和螺菌科的机会型肠道细菌，因为它们的螺旋结构，它们有能力拨开肠道细胞，破坏肠壁完整性，使得一些原本不应该通过的物质透过肠壁。白色念珠菌也有这样的能力，它的细胞可以黏附在肠壁上，将”根“扎在上面，造成”肠漏“。没有被完全消化的食物通过泄露的肠壁进入血液，作为外来物免疫系统识别出它们并攻击它们，食物过敏或者不耐受就是这样发展而来的。其结果就是：食物没有被恰当地消化便通过了已经受损的肠道壁，很多时候，当肠道壁修复好之后，食物过敏便消失了。
机会型细菌不断地产生毒性物质，是它们自身代谢的副产物。在建康的情况下，其中许多副产物是生理性的，因为经过进化过程，它们已经被吸纳为人体的正常机能。比如，肠道细菌产生的一种著名的毒素就是胺——氨基酸的代谢物。其中许多胺类物质在人体的正常生理机能中担当重要角色，一个好的例子就是组胺——身体的一种重要的神经递质。身体的某些细胞通常会产生组胺，但是它也会由变形杆菌属、大肠杆菌属、葡萄状球菌和肠道内许多其他细菌产出。当这些机会型细菌没有了有益菌的控制而过度生长，它们就会产出过多的组胺。组胺参与身体的许多机能，当太多的组胺进入血液则会使得身体的这些机能发生异常。疾病的常见症状包括过敏；持续的低血压；过多地产出体液如唾液；下丘脑机能不良伴激素变化（经前综合征是常见结构）；情绪不稳定；睡眠障碍；对一些事情上瘾。身体内组胺过多被称为组胺高，这一状况是卡尔·普菲佛医生从患有抑郁症、精神病、成瘾症及自闭症的人群当中发现的，但依旧没有人想到通过纠正肠道菌群来使组胺的产出正常化，治疗组胺高的症状。
其他充分研究过的胺类物质，如二甲胺、哌啶、吡咯烷、酪胺、章鱼胺，是肠道细菌通过氨基酸胆碱、卵磷脂、甲胺、赖氨酸、精氨酸、鸟氨酸和酪氨酸活动产出的，已经知道这会引起大脑抑郁，产生消极情绪，智力减退，行为和情感异常。
一组被称为隐吡咯的化学物质在精神异常上起到作用，在肠道与心理综合征患者的尿液中经常可以检测到隐吡咯。这种状况被称为吡咯失调，会产生烦躁、易怒、健忘、知识功能受损，免疫力低下，无法处理压力。至今，吡咯失调的治疗是通过补充锌、维生素B6和其他营养素来改善症状，医学还不能解释吡咯失调到底是怎么回事，现在有研究指出肠道菌群异常是原因。
有一类机会型细菌，成为拟杆菌，常常被发现于肠道与心理综合征患者的大便中，值得注意。它是在西方世界成人群体中最为普遍存在的机会型细菌，这也可以根据这些细菌喜欢吃的食物来解释，糖、淀粉、乳糖是西方饮食的主干。在人体内，已经发现这一细菌家族的成员唱过22种，最为常见的是脆弱拟杆菌和产黑色素类杆菌，这些细菌总是在消化道感染、脓肿、溃疡、尿路感染、肺部感染、腹膜炎、心脏瓣膜感染、血液感染、口腔感染、牙齿和牙龈疾病、坏疽以及术后感染中发现，它们作为机会分子，总是埋伏在身体所有的黏膜上伺机制造麻烦。但是它们自己往往不会导致问题，它们喜欢在运动场掺和到一些大恶霸中，这样的联合使得它们有能力引起疾病。比如，经常发现它们与梭状芽孢杆菌掺和在一起，与梭状芽孢杆菌属是好朋友，梭状芽孢杆菌被认为比拟杆菌更危险。如果梭状芽孢杆菌的活动加强，拟杆菌与梭状芽孢杆菌一起就更能引起疾病。
在自闭症儿童和成人的大便检验中总能发现梭状芽孢杆菌的家族成员，现在已经知道有上百种梭状芽孢杆菌。除了在自闭症患者的大便中能发现梭状芽孢杆菌，在精神分裂症、精神病、严重的抑郁症、肌肉麻痹症、肌张力异常以及其他一些神经与精神问题患者的大便中也能发现梭状芽孢杆菌。有许多种梭状芽孢杆菌在人体肠内是正常的栖息者，比如在建康人和动物的肠道内例行检查发现破伤风梭状芽孢杆菌。这一细菌的芽孢可以通过粪便进入土壤，它们可以存活许多年。世界上大多数土壤检测破伤风芽孢为阳性。每个人都知道破伤风是一种可以致命的疾病，因为破伤风梭状芽孢杆菌可以产生一种非常强的神经毒素。如果人受伤后或者身体破损处沾染了土壤，常常被建议赶紧打破伤风疫苗。但是我们只有当梭状芽孢杆菌直接进入组织或者血液才会感染破伤风。破伤风梭状芽孢杆菌寄居在人的肠道内，通常不会对我们造成任何伤害，因为它的毒素不能通过健康的肠道。肠道与心理综合征患者没有健康的肠壁，就会使得毒素进入人体。
然而在肠道与心理综合征患者的肠道内没有足够的有益菌来保护肠壁和控制梭状芽孢杆菌，神经毒素就有机会进入血液和大脑以及其他神经系统，影响发育和功能，对光和声音敏感是破伤风感染以及像自闭症、精神分裂症、精神病、阅读障碍等心理综合征病症患者的典型症状，这两者之间可能有联系的。我见过大多数心理综合征患者肌张力异常，这与接触低剂量的破伤风毒素出现的症状非常相像。通常，伸肌比屈肌有更高的肌张力。或许这是为什么自闭症儿童和成人总是脚尖走路，而且通过奇怪的姿势拉伸他们的胳膊、手指和腿进行自我刺激的原因。对于这些情况，患者做大便检验几乎毫无例外地发现梭状芽孢杆菌的过度生长。最近英国雷丁大学格兰·吉布森教授带领的一个微生物学团队研究发现名自闭症患儿的肠内有高水平的梭状芽孢杆菌，第二个研究发现另外60名自闭症患儿的肠内也同样有这样高水平的梭状芽孢杆菌，而这些患儿的兄弟姐妹（无自闭症问题）则不是这样。
就像白色念珠菌在抗生素的使用中，梭状芽孢杆菌取得了特别的机会，因为它们对抗生素也是耐受的。所以每一次使用光谱抗菌药物都会消灭有益细菌，留下梭状芽孢杆菌，使得它们不受控制，得以生长。不同种的梭状芽孢杆菌导致消化系统严重的炎症，比如艰难梭状芽孢杆菌引起潜在的致命的伪膜性结肠炎。一些梭状芽孢杆菌的种属与虚构型消化障碍克罗恩氏病以及溃疡性结肠炎有联系，毫无怀疑梭状芽孢杆菌家族对自闭症小肠结肠炎的形成发挥着重要作用，未来的研究将会证明是不是这个状况。梭状芽孢杆菌是产孢子细菌，使得它们几乎不能根除，我们只有控制它们，而最好最自然的方式是利用有益菌。
另外一类经常在肠道失调中过度生长的细菌是硫酸盐还原菌，这类细菌分很多种，这里只列出一些：变形菌门、硫杆菌属、着色菌科、脱硫肠状菌属、革兰氏阳性菌、真菌和拟杆菌。这些细菌从食物中代谢硫酸盐为亚硫酸盐，许多都是有毒性的。95%的自闭症患儿被发现严重缺乏硫酸盐。毫无疑问，作用于硫酸盐的细菌对于这种缺乏起到重要的作用。身体的许多功能需要硫酸盐，硫酸盐对大脑神经递质起到解读作用，是正常代谢所需。作用于硫酸盐的细菌过度生长使得没有足够的硫供给身体，并将它转变成像硫化氢这样的有毒物质，硫化氢有臭鸡蛋一样的气味，很多自闭症患儿家长说它们孩子的大便和屁有这样的气味。
更深一步研究都还在进行中，但是毋庸置疑的是大自然给出了最佳答案，保持和适当地增加有益菌，肠内保持有益菌是控制梭状芽孢杆菌、念珠菌、拟杆菌、病毒以及其他一些微生物的最佳方式。运作良好的肠道菌群不仅会抑制病原菌，还会维持肠壁的完整性，阻止那些病原微生物制造的毒素透过行比进入人体，这是处理病原微生物的自然方式，是对我们来说简单且可以尝试的方式。