由于不少种植户对辣椒前期病害和虫害没有预防意识，造成了大面积土传病害的发生。主要有以下几种病害：
一、病*病辣椒病*病除危害辣椒外，还危害番茄、白菜、*瓜等作物。露地栽培辣椒发生十分普遍，温室栽培发生相对较轻。辣椒病*病主要有两种类型，一种是花叶坏死型，病叶呈现明显的浓绿与浅绿相间的花叶症状，部分品种叶片呈现坏死斑，引起落叶、落花、落果，严重的整株死亡。
另一种为叶片畸形和丛簇形，发病期间叶片褪绿，出现斑驳、花叶、叶片皱缩、凸凹不平、变小、变窄、呈线状，茎节间缩短，有时叶片丛生呈簇状，植株矮化。果实现深绿与浅绿相间的花斑，果小，变畸形，易落花、落果、落叶。
发生规律：主要由蚜虫传播，预防蚜虫是主要的防治措施。
防治药剂：吡虫啉、噻虫嗪等防治蚜虫药剂，盐酸吗啉胍、宁南霉素等预防病*病药剂，要在未发现虫和病时进行预防。
二、青枯病主要在辣椒盛花期、初坐果期易发生，主要表现植株迅速萎蔫、枯死、茎叶仍保持绿色，维管束微有褐变，根系良好，茎横切面有白色菌脓挤出。
三、其他根部病害常见的有：茎基腐病、根腐病、疫病等。
土传病害重在预防，必须在未发病前进行施药，而且要及时，次数频繁。一般使用铜高尚（其他有机铜、无机铜制剂）、恶霉灵、多菌灵、甲基托布津等药剂的溶液进行灌根，在移栽时结合定根水进行使用，活棵后浇灌一次，花期前再浇灌一次，基本可以预防此病，当然多年重茬的地块除外。
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